Approches analytiques

Approche métabolomique non ciblée : elle vise à extraire l’information sur le plus grand nombre de métabolites possible au sein des systèmes biologiques, en considérant toutes les informations présentes dans l’ensemble des données acquises. Cette approche est essentielle pour déterminer les modifications des voies métaboliques associées à l’état nutritionnel, pathologique ou environnemental, et en découvrir de nouveaux biomarqueurs potentiels. Les profils métaboliques sont déterminés à l’aide de la LC/QToF, ou/et de la GC/QToF, ou/et de la RMN. Après des analyses statistiques, les biomarqueurs sont identifiés à l’aide de LC/HRMS

Approche métabolomique ciblée : basée sur la GC/MS, la LC/MS ou la RMN, cette approche est utilisée pour quantifier des petites molécules sélectionnées au sein d’une source biologique, dans l’objectif d’élucider leurs accumulations dans différents compartiments.

Approche fluxomique : il s’agit d’une approche dynamique du métabolisme, visant à identifier les voies et les réseaux métaboliques et à en mesurer les flux in vivo. Elle consiste à mesurer des enrichissements isotopiques d’acides aminés et/ou d’acides gras, à l’aide de GC/MS et/ou GC/C/IRMS, permettant ainsi de calculer leurs débits métaboliques in vivo, après infusion de ces isotopes.

Science des données pour la métabolomique

Les approches métabolomiques non ciblées génèrent des données massives et complexes qui ont besoin d’analyses dédiées pour en extraire l’information biologiquement significative. Ensuite, l’une des étapes les plus difficiles est l’annotation et l’intégration des données. Notre équipe rassemble une expertise complémentaire complète dédiée aux activités de gestion, de traitement et d’analyse des données réparties entre les statistiques, la bioinformatique et l’informatique : outils et workflow de traitements de données, systèmes d’information et bases de données scientifiques.

 

Groupe de recherche mapping

L’objectif de cette composante scientifique est d’introduire la métabolomique dans la biologie des systèmes, d’une part par le développement de méthodes et d’outils pour accroître l’extraction de connaissances à partir des données métabolomiques, mais également, par le développement d’approches de modélisation pour révéler les déterminants et modulateurs des changements métaboliques afin de mieux comprendre le rôle de la nutrition sur la santé. Le groupe de recherche Mapping propose et coordonne des projets de recherche preuve de concept au sein de consortiums multidisciplinaires, visant à positionner la métabolomique dans le domaine de l’épidémiologie des systèmes et de la médecine de précision.