L'objectif principal de la plateforme est de fournir un ensemble de concepts, méthodes et outils pour l'identification et la quantification de divers biomarqueurs liés à l'état nutritionnel, le développement/la survenue de maladies, la qualité des aliments et leur composition en nutriments ainsi que l'interaction des systèmes biologiques avec leurs environnements.

Dans ce cadre, les principales missions de la PFEM sont :

  • Mettre à disposition des moyens techniques et humains pour réaliser des études de métabolisme : conseils et expertise pour la définition, la mise en œuvre et la conduite de projets en métabolomique et protéomique.
  • Améliorer ses capacités d’investigation pour répondre aux nouveaux défis scientifiques par le développement de nouvelles méthodes d'analyses et outils bioinformatiques. 
  • Participer à la formation (étudiants, chercheurs, ingénieurs et techniciens) et à l'assistance technique aux utilisateurs (pour la préparation des échantillons, le traitement des données, les statistiques et l'interprétation des données).