Informations de contact

  • franck.giacomoni{at}inrae{pts}fr
  • phone: +33(0)4 73 62 47 72

Franck Giacomoni coordonne les activités bioinformatiques et informatiques au sein de la PFEM. Son expertise concerne les bases de données, les e-ressources et la science des données pour la métabolomique : Développement de workflows à haut débit ; Enrichissement de l'annotation du métabolome par la mise en place de systèmes d'information scientifiques, et le développement d'outils bioinformatiques ; Poursuite du développement des bases de données spectrales et de connaissances initiées précédemment ; Fourniture de services pour une recherche openscience utilisant la métabolomique.  Il est également membre co-fondateur, avec l'Institut Français de Bioinformatique, de l'infrastructure Workflow4metabolomics, une plateforme collaborative de traitement des données.


Missions

  • Coordonner des projets de réalisation et de mise en place d’outils informatiques pour la Métabolomique.
  • Piloter le CATI 3G INRAE eMPrEInTE.
  • Piloter le système d’information de la Plate-forme d’Exploration du Métabolisme.
  • Responsable du workpackage « Creating FAIR e-resources for knowledge  mining » dans le cadre de MetaboHUB


Publications principales

  • Giacomoni, F., Le Corguille, G., Monsoor, M., Landi, M., Pericard, P., Pétéra, M., ... & Caron, C. (2015). Workflow4Metabolomics: a collaborative research infrastructure for computational metabolomics. Bioinformatics, 31(9), 1493-1495. 
    doi: bioinformatics/btu813
  • Delmas, M., Filangi, O., Paulhe, N., Vinson, F., Duperier, C., Garrier, W., ... & Frainay, C. (2021). Building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases. bioRxiv.
    doi: 10.1101/2021.02.12.430944 
  • Van Rijswijk, M., Beirnaert, C., Caron, C., Cascante, M., Dominguez, V., Dunn, W. B., ... & Steinbeck, C. (2017). The future of metabolomics in ELIXIR. F1000Research, 6.
    doi: 10.12688%2Ff1000research.12342.2 
  • Guitton, Y., Tremblay-Franco, M., Le Corguillé, G., Martin, J. F., Pétéra, M., Roger-Mele, P., ... & Thévenot, E. A. (2017). Create, run, share, publish, and reference your LC–MS, FIA–MS, GC–MS, and NMR data analysis workflows with the Workflow4Metabolomics 3.0 Galaxy online infrastructure for metabolomics. The International Journal of Biochemistry & Cell Biology, 93, 89-101.
    doi: 10.1016/j.biocel.2017.07.002